继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：艾丽西娅·法尔科 乔治娜·阿莫罗斯 马里奥·德·拉·罗萨 莱娅·马鲁利 拉蒙·巴雷阿 巴勃罗·阿尔瓦雷斯 Berner Maynés Aleida Torrent Casellas Pau Poch Alexandra Pino Lluc Miravete Sergi Sala Nathan Radley Ramos Herminio Avilés
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演员：J·K·西蒙斯 Will Jeffs 罗恩·米德 Maria Dinn Andrea Gallo 哈利·海顿-佩顿 Erniel Baez 胡安·卡洛斯·韦利斯 Derwin Phillips 杜安·基奥 克莱尔·兰金 凯伦·克里奇 Honor Spencer 马克·麦克雷 凯蒂·莱恩
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